Obsah
V 19. storočí bola taxonómia - klasifikácia živých organizmov - v biológii rozhorčením. Amatérski aj profesionálni prírodovedci boli tak chytení v šialenstve pri zhromažďovaní a identifikácii stvorení, vzácnymi chrobákmi boli horúce komodity. V tom čase bolo málo známe o mikroorganizmoch a ich mieste vo svete živých vecí a klasifikácii mikrobiológie sa toľko pozornosti nevenovalo. V uplynulých desaťročiach došlo k dramatickému nárastu znalostí mikróbov a metód identifikácie mikroorganizmov, pričom časť tohto nárastu bola preukázaná účinnou klasifikáciou mikroorganizmov.
Zložky taxonómie
Taxonómia má tri zložky: nomenklatúru, klasifikáciu a identifikáciu. Nomenklatúra jednoducho priraďuje druhu druh. Klasifikácia je zoskupovanie druhov podľa zdieľaných charakteristík - niektoré z nich sú fyzikálne a niektoré biochemické. Identifikácia využíva vlastnosti organizmu na určenie, či patrí do klasifikačnej schémy. Moderná taxonomická schéma má ako svoju najväčšiu a naj inkluzívnejšiu skupinu oblasti. Najmenšia skupina je druh. Úrovne prebiehajú od naj inkluzívnejších po najkonkrétnejšie: doména, kráľovstvo, kmeň, trieda, poriadok, rodina, rod a druh. Ste napríklad Eukarya Animalia Chordata Mammalia Primate Hominidae Homo sapiens.
Mikroorganizmy a domény
Mikroorganizmy sú mimoriadne rozmanité. Nie sú definované žiadnym konkrétnym druhom štruktúry alebo funkcie, ale jednoducho ich veľkosťou. Mikroorganizmy sú také rozmanité, že spadajú do všetkých troch rôznych klasifikácií najvyššej úrovne - do všetkých troch domén. Jednou doménou sú baktérie, druhou archaea a finálna eukarya. Všetci členovia bakteriálnych a archaea domén sú jednobunkové mikroorganizmy. Sú to obe bunky bez membrán, ktoré oddeľujú ich genetický materiál od zvyšku bunky - membrány, ktoré definujú jadro. Takže všetky kráľovstvá, fyla, triedy, rády, rodiny, rody a druhy v rámci bakteriálnych a archaea domén sú mikroorganizmy.
Jednobunkové chrániče
Eukarya sú organizmy, ktorých bunky obsahujú jadro. Mnoho eukaryotických organizmov sú jednobunkové mikroorganizmy, ale mnoho ďalších - napríklad stromy sekvoje alebo vy - nie sú. Preto sú potrebné ďalšie klasifikácie. Kráľovstvo Protista v doméne Eukarya sa skladá iba z jednobunkových mikroorganizmov. Protisty sú rozdelené do troch rôznych skupín fyly: štyri rôzne fygy rias, štyri rôzne protozoové fyly a dve rôzne fyly plesne. Ale všetky organizmy v rámci tejto fyly - všetky v kráľovstve Protista - sú mikroorganizmy.
Mikroskopické huby
Kráľovstvo Fungi je obsiahnuté v doméne Eukarya. Niektoré phyly v húb obsahujú mikroorganizmy. Napríklad kmeň Zygomycota obsahuje mikroskopické plesňové formy a kmeň Ascomycota obsahuje kvasinky a mikrobiálne škodce a parazity. Lišky sú symbiotické zhromaždenie huby a fotosyntetického organizmu - obsiahnuté čiastočne v kráľovstve Fungi a čiastočne v iných kráľovstvách alebo dokonca v iných doménach.