Podľa webovej stránky University of Wisconsins BioWeb je primér PCR krátky syntetický oligonukleotid (obvykle medzi 18 a 25 bázami) používaný na amplifikáciu špecifických oblastí DNA technikou molekulárnej biológie známou ako polymerázová reťazová reakcia (PCR). Je potrebný tak priamy, ako aj reverzný primer, ktorý je navrhnutý tak, aby bol reverzným doplnkom reťazca DNA, aby lemoval a viazal sa na požadovanú oblasť DNA. Keď vedci chcú vykonať výskum špecifického génu alebo oblasti DNA, musia najskôr vykonať PCR, aby získali dostatok cieľovej oblasti, s ktorou môžu pracovať. Môže byť potrebné navrhnúť sekvencie primérov pre oblasť záujmu, ak ešte nie sú dostupné prostredníctvom skôr publikovaného výskumu alebo komerčnými prostriedkami.
Získajte nukleotidovú sekvenciu príslušného génu alebo oblasti DNA a rozhodnite sa, ako dlho chcete fragment amplifikovať. Predný a reverzný primer je navrhnutý tak, aby sa viazal na začiatku a na konci požadovaného fragmentu. Bežné metódy PCR typicky používajú priméry, ktoré lemujú oblasť medzi 100 až 1 000 párov báz, zatiaľ čo metódy PCR v reálnom čase používajú fragmenty dlhé asi 50 až 200 párov báz.
Rozhodnite sa, kde v poradí chcete, aby ležali primery. Napríklad môžete chcieť umiestnenie blízko 5 alebo 3 konca sekvencie alebo uprostred. Ak je to potrebné, označte umiestnenie primerov na preklenutie intrónu.
Pri navrhovaní primerov postupujte podľa odporúčaných pokynov. Úspešná amplifikácia produktu DNA závisí od kvality primerov a určité premenné sú kritické.
Navrhnite základný náter s dĺžkou 18 až 24 báz. Vincent R. Prezioso, Ph.D., z Brinkmann Instruments Inc., navrhuje, že táto dĺžka je dostatočne dlhá na to, aby bola extrémne špecifická pre požadovanú oblasť DNA, ale dosť krátka na ľahké naviazanie (nasedanie). Teplota topenia primeru (Tm) by mala byť medzi 55 až 80 stupňov Celzia, dostatočne nízka, aby umožnila úplné topenie pri alebo nad 90 stupňov Celzia, ale dostatočne vysoká, aby umožnila žíhanie. Obsah GC (percento Gs a Cs v sekvencii) by mal byť medzi 40 a 60%. 3 koniec primérovej sekvencie by mal končiť v C alebo G (nazývaný GC svorka), aby sa podporila väzba, pretože nukleotidy G a C majú silnejšie väzby, vyhnite sa tomu, že v posledných piatich bázach budú mať tri alebo viac Gs alebo Cs. sekvencie.
Vyhnite sa pokusom o štyri alebo viac z jednej bázy (ako ACCCC ...) alebo štyroch alebo viacerých dvojjadrových opakovaní (ako je ATATATAT ...), pretože môžu spôsobiť nesprávny priebeh.Navrhnite priméry bez intraprimérovej homológie (viac ako tri bázy, ktoré sa komplementujú v rámci jedného priméru samotného) alebo medzidimérnej homológie (kde forwardový a reverzný primér majú komplementárne sekvencie). To môže spôsobiť vlastné diméry alebo priméry-diméry, kde sa priméry viažu na seba namiesto naviazania na požadovanú sekvenciu DNA.
Používajte online zdroje a webové stránky, ktoré pomáhajú pri navrhovaní primerov alebo pomáhajú kontrolovať postupnosť primerov na ich komplementaritu alebo potenciál vytvárať sekundárne štruktúry, ako sú sponky do vlasov. Niektoré webové stránky s návrhmi primerov zahŕňajú Massachusetts Institute of Technologys Primer3, Národné centrum pre biotechnologické informácie Primer-Blast a Integrated DNA Technologies OligoAnalyzer.